Es kann sein, dass Windows nicht mehr startet, nachdem eine Linux Boot CD oder USB-Stick verwendet worden ist.
Das liegt daran, dass die automatische Umstellung des AHCI Mode nicht richtig funktioniert.
Der AHCI Mode muss dann manuell eingestellt werden.
In meinem Fall musste der Native AHCI Mode wieder auf Enabled gestellt werden, nachdem Mode Control auf Manuel umgestellt wurde. Dann ist Windows wieder gestartet.
Einträge im BIOS in meinem Fall:
AHCI | Mode Control | Auto od. Manual
Native AHCI Mode | auf Enabled anstelle Disabled